Dnia 13-go maja 1993 roku w 10-tą rocznicę intronizacji Figury Matki Bożej Fatimskiej w Borkach Ks. Bp Ordynariusz Józef Życiński na podstawie kan. 1230 KPK oraz Statutu 303 IV Synodu Diecezji Tarnowskiej podniósł kościół Matki Bożej Fatimskiej w Borkach do godności SANKTUARIUM i jednocześnie mianował ówczesnego proboszcza Ks. Stefana Michalskiego jego kustoszem.
Zadania, jakie zlecił Ks. Biskup wiernym tu gromadzącym się to:
– wypraszanie za wstawiennictwem Matki Bożej Fatimskiej łask potrzebnych Ojcu Św. i Kościołowi
– upraszanie błogosławieństwa Bożego dla całej Diecezji Tarnowskiej
– dziękczynienia rolników za zebrane plony
– modlitwy o nowe, dobre i liczne powołania kapłańskie
[Fronton Sanktuarium] i zakonne- podejmowanie modlitwy i pokuty dla upraszania łask Bożych.Na miarę swoich możliwości Sanktuarium podejmuje te zobowiązania, a świadectwem na to jest żywy kult Pani Fatimskiej.